Действующими лицами книги становятся собиратели анаши, молодой человек, изгнанный из духовной семинарии за ересь, бывшие зеки, «кулаки».
В романе «Плаха» можно выделить три основные сюжетные линии, связанные общей проблематикой.
Первая линия — это судьба пары волков — Акбары и Ташчайнара. Волки были вынуждены покинуть степи после того, как люди устроили там гигантскую бойню — охоту на сайгаков, во время которой погибли их первые волчата. Пара волков ушла ближе к горам, к озеру, но и родившиеся там щенки погибли, когда люди подожгли камыши вокруг озера. Акбара и Ташчайнар перебрались в горы, надеясь, что там они спасутся от людей, но их последних четверых волчат украл из норы в горах человек. А когда волки начали мстить за своих детей, люди убили и их.
Вторая сюжетная линия связана с судьбой Авдия Каллистратова — молодого человека, которого выгнали из духовной семинарии за ересь; после чего он стал корреспондентом газеты. Но Авдий чувствовал, что это не его призвание, и постоянно искал свое предназначение, смысл своего существования. Он решил поехать в Моюнкумские степи с группой «гонцов» (собирателей анаши), чтобы написать о них статью. Но газетный очерк был только официальным поводом; на самом деле он поехал, надеясь, что ему удастся уговорить этих молодых ребят, почти мальчишек, бросить их опасный промысел и покаяться. Ему это не удалось, как не смог он и напечатать свои «степные очерки». Разочарованный, Авдий возвращается в Жамгак-Саз, куда он ездил с «гонцами» и где он встретил и полюбил биолога Ингу Федоровну, которая так же, как и он, занималась проблемой борьбы с анашой. Но Авдий не застает её в городе и идет на вокзал, где его подбирает для «сафары» (охоты на сайгаков) «Обер-Кандалов — бывалый человек… в прошлом военный, причем из штрафбата».
Айтматов описал эту «сафару» так, что читателям становится ясна практическая невозможность мирного сосуществования человеческой цивилизации и дикой природы степей. Авдия, ставшего случайным свидетелем этой бойни и пытавшегося уговорить Кандалова и его приспешников прекратить охоту и покаяться, связали и бросили в кузов машины, а потом распяли на дереве и оставили умирающего молодого человека одного.
В третьей части появляются новые герои, чьи судьбы тесно переплетаются с судьбой Акбары и Ташчайнара. Бедный чабан Базар-бай нашел в горах логово волков и забрал оттуда четверых щенков. Этот его необдуманный поступок стал причиной многих бед в целом совхозе. Волки начали мстить людям: они задрали много овец и даже набрасывались на людей. Но больше всех пострадали Бостон и его жена Гулюмкан: они потеряли самое дорогое, что у них было, — сына Кенджеша.
«Гонцы» за анашой избили и сбросили с поезда Авдия, надеясь, что он не выживет. А когда этот молодой человек во второй раз попытался пойти против суровой действительности и остановить бессмысленное жестокое убийство сайгаков, это стоило ему жизни. Люди, распявшие Авдия, не пожалели его. Но Авдия пожалела волчица Акбара, которую он увидел за несколько мгновений до своей смерти. Люди сочувствовали Гулюмкан, которая, потеряв сына, выла так же, как Акбара, когда — у нее украли её волчат. Но вой волчицы вместо жалости вызывал в людях только злость.
Люди в совхозе не могли простить волков, убивающих скот и нападающих на людей, желая отомстить им за всех своих детенышей. Но мы можем понять Бостона, застрелившего Базарбая, которого он считал виновным в смерти своего сына. Когда Авдий спросил у «гонцов», Бог или деньги для них важнее, даже маленький Ленька ответил, что деньги, потому что они дают возможность жить лучше, чем живут многие люди, зарабатывающие на жизнь честным трудом. Но честно работать можно тоже по-разному. Бостону, который вкладывал все силы в работу, многие бедные чабаны завидовали, некоторые даже ненавидели его за то, что у него все было лучше, чем у них. За это Бостона из «передовика производства» превратили в «кулака». А парторг Кочсорбаев старался помешать «кулаку» добиться большего.