После водворения на престол энергичной фигуры Петра в России начинается энергичная ломка старого строя и обновление его по западным образцам. Петр не был религиозным человеком в том смысле, в каком был им его отец. Вопросы религии и веры не были для Петра той "страшной святостью", о которой не дерзал свободно помыслить царь Алексей.
Еще в молодости Петр высказывал главе русского духовенства свои пожелания о поднятии уровня грамотности и просвещения среди духовенства, об организации школ. Но патриарх чуждался новшеств и ничего не предпринимал в указанном царем направлении. Очень сильные трения возникли по поводу брадобрития, но Петр твердо стоял на своем и вел себя по отношению к главе духовенства так, что тот счел за лучшее удалиться.
С каждым годом недовольство Петра духовенством все усиливалось, так что даже привык большую часть своих неудач и затруднений во внутренних делах приписывать тайному, но упорному противодействию духовенства.
В 1700 году после смерти патриарха Адриана блюстителем и управителем патриаршего престола был назначен митрополит рязанский и муромский Явроский, сочувствовавший реформам. Ему были поручены только дела веры, а все остальные дела, находившиеся в ведении патриарха были распределены по приказам. В 1701 году был восстановлен монастырский приказ, в ведении которого отошли патриарший двор, архиерейские дома, монастырские земли и хозяйства.
Вскоре последовал ряд указов, решительно сокращавших самостоятельность духовенства. Особой чистке подверглись монастыри. Им запрещалось владеть вотчинами и угодьями. Жить они должны были за счет своего труда. Также был издан указ, запрещающий просить и подавать милостыню, но он встретил очень сильный протест и непослушание. Особым указом 1718 года предписывалось православным обывателям неприменно посещать церкви и в храмах стоять с благочестием и в безмолвии, слушая святую службу, иначе грозил штраф, взимаемый тут же.
25 января 1721 года Петр подписал манифест об установлении святейшего синода и 14 февраля произошло торжественное открытие нового управления церковью. Состав святейшего синода определялся по регламенту в 12 "правительствующих особ", из которых 3 неприменно должны были носить сан архиерея. Президентом синода был назначен митрополит Стефан. Синодским указом 1722 года были установлены определенные штаты духовенства, как бы замкнув этим духовное сословие в нем самом.
В конце января 1724 года Петр опубликовал знаменитый указ о звании монашеском, об определении в монастыри отставных солдат и об учреждении семинарий и госпиталей. Но через год Петра не стало и этот указ его не успел войти в жизнь со всей полнотой, как хотел того преобразователь.
При Петре духовенство стало превращаться в такое же сословие, имеющее свои права и обязанности, как шляхетство и горожане. В результате духовных реформ Петра святейшему синоду теперь стало не на что опереться духовенство разгромлено и поставлено в положение слуг правительства, связанных исходящими от него распоряжениями.