На процесс заселения Приморья, на его экономическое и социально-политическое развитие существенное влияние оказывали политика российского правительства и международная ситуация в Азиатско-Тихоокеанском регионе. В конце Х1Х в. интересы российской дальневосточной политики все более сосредоточивались на разделе Китая, следствием этого стало строительство КВЖД, передача России в аренду южной части Ляодунского полуострова и Порт-Артура, что привело к ухудшению отношений между Россией и Японией и к другим серьезным последствиям: десятки миллионов рублей потекли на строительство Дальнего и Порт-Артура, куда из Владивостока была перебазирована Тихоокеанская эскадра, в Южно-Уссурийском крае приостановлены оборонительные работы и т.д.
Накануне войны с Японией обороноспособность дальневосточных рубежей России была чрезвычайно низкой. Из-за незаконченности строительных работ на транссибирской магистрали, нехватки паровозов и вагонов пропускная способность Транссиба и КВЖД была невелика: 6-8 воинских эшелонов в сутки. Воинский груз из Петербурга и Москвы следовал до Владивостока почти 50 суток. Для переброски войск на дальневосточный театр войны требовалось несколько месяцев. 98 тыс. русских регулярных войск и 24 тыс. добровольцев и казаков пограничной стражи противостояли на Дальнем Востоке 151 тыс. обученных кадровых солдат японской императорской армии. Ни количество войск, ни количество боевой подготовки не соотвествовали потребностям обороны края. К тому же тыл русской армии дезорганизовали хунхузы - вооруженные китайские банды.
Во Владивосток и Южно-Уссурийский край войска и военные припасы доставлялись в последнюю очередь, поскольку основные боевые действия ожидались, а потом и проходили в Южной Манчьжурии и в районе Порт-Артура.
Главная сухопутная оборонительная линия проходила в 3 - 6 км. от Владивостока. Она состояла из 4 фортов, 3 временных укреплений, 5 редутов и 12 батарей; в стадии строительства находились 4 батареи. Береговая и крепостная артиллерия имела на вооружении в основном устаревшие системы. Крепость защищали нарезные стальные орудия образца 1877 г. - с малой дальностью, невысокой скорострельностью и недостаточной точностью стрельбы. Гарнизон крепости насчитывал 17 тыс. человек. Этого было явно недостаточно для обороны 63 верст периметра крепостных позиций.
В ночь на 27 января 1904 г. японский флот внезапно напал на русскую эскадру на внешнем рейде Порт-Артура. В корейском порту Чемульпо были атакованы крейсер "Варяг" и канонерская лодка "Кореец". Моряки “Варяга” сражались и погибли в бою 27 января 1904 г.
12 февраля 1904 г. японская эскадра в состтаве 10 кораблей подошла к острову Русский, но, не сделав ни одного выстрела, ушла обратно. На рассвете 22 февраля русские наблюдательные посты вновь обнаружили в заливе Петра Великого, к югу от острова Аскольд, 7 японских крейсеров - 5 броненосных и 2 легких. В 8ч. 50 мин. на флаг-мачте горы Тигровой взвился красный флажок - сигнал тревоги. Весть о приближении вражеской эскадры быстро разнеслась по Владивостоку.
Оставив легкие крейсера у острова Аскольд, броненосные крейсера подошли к полуострову Басаргина, и в 13ч. 30 мин. головной корабль открыл огонь из орудий. Затем вся эскадра направилась вдоль берега. В течение часа японцы выпустили около 200 снарядов. Обстрелу подверглись строящиеся форты Суворова и Линевича, береговые батареи, восточная часть города и порта. Русские крейсера стали разводить пары, чтобы выйти навстречу японской эскадре, но противник исчез за горизонтом. Ущерб обстрела был невелик. Крепостные сооружения не пострадали, а в городе повреждения были также незначительны. В тот же день приказом коменданта крепости Владивосток был объявлен на осадном положении.
30 июля 1904 г. броненосные крейсера "Россия", "Рюрик" и "Громобой" вышли из Владивостока к Корейскому проливу на помощь портартурской эскадре, не зная о том, что она разбита еще 28 июля. 1 августа на месте предполагаемой встречи с русской эскадрой владивостокские крейсера ожидала японская эскадра Камимуры, превосходившая по количеству кораблей, артиллерийской мощи и скорости хода. Через час боя "Рюрик" потерял управление, но продолжал сражаться. Получившие большие повреждения "Россия" и "Громобой" старались принять огонь на себя, чтобы дать возможность "Рюрику" исправить рулевое управление. На пятом часу боя командующий отрядом контр-адмирал Иессен решил отходить во Владивосток, чтобы спасти два оставшихся крейсера. "Рюрик" оказался окружен 4 броненосными и 2 легкими крейсерами противника. Сопротивляться он уже не мог. Все орудия замолчали. Из 800 членов экипажа более половины были убиты и ранены. Командир крейсера и старший офицер были смертельно ранены еще в начале боя. Лейтенант К.С.Иванов приказал открыть кингстоны. "Рюрик" медленно погрузился в морскую пучину.
Блокада Порт-Артура и Тихоокеанской эскадры позволила японцам почти беспрепятственно перебрасывать войска на материк.
С прибытием на Дальний Восток нового командующего флотом вице-адмирала С.О.Макарова активность русской эскадры в Порт-Артуре возросла. С.О.Макаров был известен как ученый, создатель теории непотопляемости карабля, океанограф-исследователь арктических морей и Тихого океана. Гибель адмирала С.О.Макарова 31 марта 1904 г. на флагманском броненосце "Петропавловск" явилась великой потерей для русского флота.
В конце апреля-начале мая 1904 г. начались активные боевые действия на суше. Японская армия, превосходившая русскую по численности, подготовке, имевшая возможность использовать резервы, наносила русским войскам поражение за поражением. Героизм солдат, строевых офицеров и отдельных частей не мог изменить ход войны.
У стен Порт-Артура была собрана 100-тысячная армия японцев. Под руководством начальника обороны сухопутного фронта Порт-Артура генерала Р.И.Кондратенко защитники крепости за полгода осады отразили 4 штурма. Человек большой личной храбрости, крупный военный специалист, генерал постоянно находился на фортах и в траншеях. Вместе со своим штабом Р.И.Кондратенко погиб при артиллерийском обстреле.
Несмотря на то, что возможности обороны крепости не были исчерпаны, 20 декабря 1904 г. Порт-Артур капитулировал.
Тем временем на усиление русской Тиххокеанской эскадры с Балтики шла 2-я Тихоокеанская эскадра под командованием вице-адмирала З.П.Рожденственского., собранная из кораблей разных лет постройки, степени вооруженности и бронирования. 14 мая 1905 г. эскадра адмирала Х.Того встретила русских в Корейском проливе. В результате двухдневного боя русский флот был наголову разгромлен.
Военные поражения и начавшаяся в стране революция вынудили правительство России искать мирный путь решения конфликта с Японией. Япония тоже устала от войны. Подписание долгожданного мира состоялось 23 августа 1905 г. в городе Портсмут (США). Русская делегация согласилась с условиями японской стороны. Россия уступила южную часть Сахалина и отказалась в пользу Японии от аренды Ляодунского полуострова с Порт-Артером и портом Дальний.